La fundación y desarrollo de Villa Isabela se remonta a los inicios del siglo XX. Su nombre original fue “Las Lagunas” debido a las aguas que se estancaban en los tiempos de abundantes lluvias debido a la pendiente del terreno, pero desde 1937 lleva el nombre de a Villa Isabela.
Sus límites geográficos son, al norte, el Océano Atlántico; al sur, el municipio Los Hidalgos y la provincia Valverde; al este, el municipio Luperón, y al oeste, la provincia Montecristi.
Es un laborioso y próspero municipio perteneciente a la provincia de Puerto Plata. Sus principales actividades están focalizadas en la producción agrícola (plátanos, tabaco, maíz, yuca), en la ganadería y en la pesca.
Villa Isabela es un santuario que sirve de hábitat a diversas especies marinas y aves, algunas en peligro de extinción. Destaca el hecho de que constituye el lugar donde, a poca distancia mar adentro, existe la mayor reserva de manatíes de la Republica Dominicana, pues en ella se pueden localizar hasta más de cuarenta unidades. Este municipio tiene abundantes fuentes de acuíferos, sin embargo, son ríos cortos y poco caudalosos, lagunas y caños.
Hoy Villa Isabela se presenta y promueve bajo la marca de La Ciudad del Manati En esa frase la población resume su conciencia sobre la importancia de este recurso y de su atractivo en el esquema de desarrollo que esta comunidad ha ido elaborando de cara al futuro.